审计组在审查招标文件时发现该工程的投标报价方式为工程量清单综合单价方式，投标单位应根据市场风险自主报价，中标单位待工程竣工结算时，综合单价在任何情况下均不予调整，工程量按照工程竣工图纸实际发生的工程量进行结算；招标工程量清单中的漏项或新增加的子目应根据招标文件的报价原则、参考中标单位工程量清单中类似项目的人工、机械、材料及取费标准重新组价，并经建设单位审批后，作为结算依据；招标工程量清单中的多项或减项子目，工程竣工结算时，根据工程竣工图纸实际发生的工作内容和减项变更洽商，按照中标单位投标价格相应子目扣减。但是，中标单位与建设单位签订的工程施工承包合同中的合同价款为固定总价合同，专用条款中又一次约定合同价款结算时清单工程量不予调整，投标单价中的主材、人工及机械费应按照施工期间市场信息的平均价格调整。导致合同本身前后矛盾、并与招标文件的意愿发生了实质性的冲突。

       从以上招标文件的要求及合同签订的情况可以明显看出，招标文件的内容表达地非常清晰、明确，但合同签订的结算方式和合同中的专用条款，显然是违背了招标文件的真实意愿、改变了招标文件的实质性内容。审计组通过对该项目资料较为全面的掌握、核实、分析，同时与建设单位主管人员充分沟通了解后，认为该项目在签订合同阶段，建设单位没有相关专业人员严格把关，合同虽然有效、但合同中违背招标文件真实意愿并改变招标文件实质性内容的条款，应视为无效条款。

       据此，审计组将该问题中建设单位应承担的法律及管理风险等与建设单位充分沟通，晓之利害后，建设单位同意另行起草结算协议、并按照招标文件要求纠正合同中与招标文件要求有冲突的条款。但是，施工单位坚决不同意另行签订结算协议，理由有三：一是合同是经过建设单位盖章同意的，不是强迫也不是欺诈，并且要求依据合同法保护其合法权益；二是合同中已经明确了合同的解释顺序（该合同解释顺序为：本合同在前、招标文件在后），应先按照合同执行；三是该合同经过当地建设管理部门备案，另行签订结算协议内容与备案合同内容不一致，属于违法行为。

       针对施工单位的意见，审计组予以解释：招标属于邀请、投标属于应邀（也属于承诺），参加了投标，就说明了无条件同意招标文件的全部要求。招标文件是各个投标单位在统一条件下的共同平台，中标后签订的合同如果改变招标文件的实质意愿，是对其他参加投标单位的尊重、也就失去了公开招标的意愿，其本身就违背了招标法。合同的解释顺序中，招标文件本身就不应该在合同的解释范畴，因为不响应招标文件就不能参加项目投标，也就不会有中标通知书、更谈不上签订合同。合同中的专用条款是指通过条款或招标文件中，没有完全覆盖或其他需要澄清约定的事项，而不是违背招标文件的真实意愿和实质性内容。  

       审计结果：施工单位最终与建设单位按照招标文件的要求另行签订了结算补充协议。按照该项目另行签订的结算补充协议，结算审核完毕后，其审核结果与原合同的结算方式比较，清单工程量误差核减近百万元，保证了项目最终投资造价的合理性、真实性，同时也维护了国家法律法规的严肃性，提高了建设单位的综合管理意识，为建设单位今后的建设管理提供了前车之鉴。

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